方法主要有国际标准，区域标准，国家标准，行业标准，地方标准，企业标准等等。如ISO,AOAC,欧盟标准,FDA, GB, SN, DB。不同单位采用的方法根据自己的条件选择。应该是以GB,SN居多。涉及的仪器主要是液相色谱或者LCMS及MSMS，气相色谱或者GCMS, GCMSMS。现在的发展趋势是用LCMSMS 以及GCMSMS。GCMS现在也是主流。
国内CMA认证倾向于GB方法，其他方法有限制条件。但GB方法不是对所有农药都适合，检测限有的重复不出来。
GB/T 20769-2008 水果和蔬菜中450种农药及相关化学品残留量的测定 液相色谱-串联质谱法
GB/T 19648-2006 水果和蔬菜中500种农药及相关化学品残留的测定 气相色谱-质谱法
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